明朝水师又称大明水师，曾经世界第一的中国海军，它的起源是元末朱元璋所部的两大主力之一巢湖水师。
在明成祖鼎盛时期的1420年，明王朝拥有3800艘船，其中1350艘巡船，1350艘战船，以及驻扎在南京新江口基地的400艘大船和400艘运粮漕船，其中250艘是远洋宝船，此外还拥有大量护洋巡江的警戒执法船和传令船，可以说，威名远扬的郑和船队实际上只是强大的明帝国海军的一支海上机动舰队而已。
从元末朱元璋渡江战役和鄱阳湖水战开始，到郑成功收复台湾，明朝立国近三百年，明朝水师却未曾遭遇一败，可惜中国古代军事向来重陆战轻水战，因此明朝水师的光辉也就因此而淹没了。
事实上，明朝水师确实是中国古代史乃至世界古代史上最强大的舰队，郑和下西洋的辉煌人所共知，斯里兰卡之战活捉其国王，大扬华夏国威。后来明朝海防空虚，但经过戚继光整顿，明朝水师重新焕发了战力。
明朝的海军也就是水师经过了从内陆向海洋的扩张之路，曾经一度称霸沿海及印度洋沿岸，建立印度洋朝贡贸易圈，但是随着明朝的衰落以及游牧民族的入侵，中国的水师不可避免的衰落了，但是不能掩盖其曾经的辉煌。
屯门海战
1521年（明正德16年）八月底（此时嘉靖皇帝已继位），时年56岁的广东海道副使汪鋐奉命驱逐佛朗机人。此时葡萄牙人由阿尔瓦雷斯率领，已占据“屯门岛”附近若干年，由广东海道副使汪鋐指挥的在屯门地区抗击佛朗机（中国古代指葡萄牙）人发动的海战（史称屯门海战）。虽然初战失败，但是再战打得葡人大败。最后剩下三艘大船，在9月7日趁天黑逃到附近岛屿藏身。天亮后，风向逆转，葡人才借强劲的北风勉强逃过明军的追击，逃回已窃据的满剌加。至此，中国收回被葡人盘踞的“屯门岛”及经常滋扰的“屯门海澳”及“葵涌海澳”。这是中国第一次抗击西方殖民主义者的战役，以明朝的获胜而告终。
茜草湾之役
明朝嘉靖元年（1522年）在广东西草湾明朝水师与佛朗机（中国古代指葡萄牙）海军发生了一场海战——西草湾之战（或茜草湾之役），以明水师胜利告终，这也使得葡萄牙人逐渐放弃用武力迫使明朝开关贸易。
露梁海战
明朝万历二十六年十一月（1598年），在明朝万历抗倭援朝战争中，中朝两国水师同日本水师，在朝鲜半岛露梁以西海域进行的一场大规模海战，史称露梁海战，最终全歼日本舰队，这次战役给侵朝日军以歼灭性重大打击，打得日本200年国力一蹶不振，对战后朝鲜200年和平局面的形成，起了重要的作用。此次战役中，中国老将邓子龙和朝鲜李舜臣双双捐躯。
收复澎湖之战
万历三十年（1602年），荷兰建立东印度公司，开始争夺东方殖民地。天启二年（1622年），荷兰舰队占领澎湖，明廷下令福建巡抚南居益将荷兰人赶出澎湖，发动了澎湖之战。但荷兰人的战舰封锁了漳州海口，明朝水师无法出动。
天启三年（1623年）11月，南居益故意邀请荷兰人前往厦门谈判，在宴会上囚禁荷兰代表团，并乘机袭击烧毁了入侵明朝沿海的荷兰战舰。天启四年（1624年）2月，福建巡抚南居益亲自乘船到金门，下令明军渡海出击收复澎湖。但荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。7月，南居益又派出火铳部队支持，明军发动总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，然后双方又形成僵持的局面。8月，明军再次兵分三路，直逼夷城，荷兰人势穷力孤，不得不撤离占领了两年的澎湖。明朝取得了澎湖之战的胜利，成功收复了澎湖。
